最难受当属六科。
六科给事中，官秩虽不过七品，却如“监察御史”一般，负有稽察六部、封驳诏旨之重责。其位置之清要，非同一般。祖宗设立此制，原为防君主任情、政令有失，是破除壅蔽的一道要紧关口。科臣若认为诏敕有失当之处，可用“封还”或“驳正”之权，这原是极大的体面与权力。
然而到了这正德二十三年，六科的景象，却颇有些寂寥的意味。那“封驳”之权，几成虚设。
一来，皇帝通过军机房传谕，以军机要务当属机密为由，直接从军机房直接发出，根本不经过内阁与六科这套程序，科臣连文书都见不着，又何从“封驳”？此乃制度之变。
二来，即便是经内阁发出的明发上谕，科臣们也多噤若寒蝉。自太宗之始，皇帝有意无意的扩大密奏之事，就是有意绕开言路，而且皇帝已经通过都察院、吏部、内阁数番惩治科道。前车之鉴，“血迹未干”，谁还敢轻易去捋那龙须？
于是，多数的给事中，想呈本上奏，直言军机房之弊，但更多的是私下发牢骚。王琼内阁是皇帝中旨提拔起来的铁杆，压根就不站在他们立场上考虑问题。
科臣心灰意冷之下，竟做起了每日里照例到科，画卯签到，将发下的谕旨本章归档存录，便算完差。偶有那等书生意气未泯的，仔细盘查，十件之中，幸有一二可行者，发部议论，结果却是无有不议驳，并无有不通驳。
对于六部来说，无所谓了。
大明的中枢压根就没固定过。
先是大明建立之初成立而又废除的中书省，后来永乐始建内阁学士顾问，然后仁宣以来又一步步扩权。
到了正统年间，先后将中书科、制敕房、诰敕房，使内阁初步承担了中枢的职能。
自今上登记更是信任杨廷和，屡次视六部为下属。
然后在内阁下成立军学处以及军机房。
自毛纪乞退前，皇帝更是下旨令在京各衙门上奏须关白内阁，内阁已经成为实质上的“新中书省”了。
再说部堂大员们视科臣为少年新进，其议论如同摭拾陈言，苟且塞责，更加生出了轻慢待之。六科几番碰壁之后，热血也便冷了，日后更是索性依违缄默，只求做个太平官儿，这就是后话了。
朱厚照作为皇帝，这般做，无非是借着内阁制这只鸡，下自己的蛋。
大明中枢运作的朝会依然名存实亡，皇帝最喜欢效率更高的是廷议，人事上则是廷推。
每逢有重大政事，皇帝便可诏令廷议，下九卿、詹事、科道会议，那场面，乍看是济济一堂，各抒己见，实则内里乾坤，大有讲究。
原因无他核心人物的态度，早已决定了会议的氛围与走向。
若是皇帝交议之事，圣意已有所属，或内阁大臣、又或是近臣事先透了口风，那么这会议，便成了照例议论而已。
各部院堂官、内阁学士们，个个如人精一般，察言观色，忖度上意。为首的几位重臣定了调子，余下众人便相率而为依违缄默之计，或不发一语，随同画诺。即便有那一二耿介之士，想据理力争，看到这阵势，也如雪狮子向火，先自软了半边，话到嘴边，又咽了回去。最后复奏的奏本，自然是众口一词，圆满妥帖，将那可能存在的歧见与风险，遮掩得风雨不透。
那么皇帝如此掌控岂不更好？
答案是也不尽然。
倘若所议之事，牵涉各部利害，或朝中派系纷争，那会议便又成了另一番景象。
例如户部说漕粮改折利于国库，工部便言河工岁修不容有失；主张用兵的慷慨激昂，主张抚议的老成持重。引经据典，唇枪舌剑，看似热闹非凡，实则多是门户之见、意气之争，于国家实政，反落了下乘。争到后来，往往陷入胶着，只得将彼此矛盾的意见，罗列并陈，奏请“圣裁”。
这皮球，便又轻轻巧巧地踢回了朱厚照跟前。朱厚照览奏，见众说纷纭，莫衷一是，不免心烦，暗道这些人，平日俸禄优养，遇事却不能为自己分忧，只会空言搪塞。久而久之，越发倚重内阁，但是内阁等人背后也牵涉了许多。
无他，内阁缺员，还要挺推。
自己三番五次中旨上来的内阁阁臣进了内阁之后竟迅速与自己拉开距离，这让自己一时不知是喜是忧。
朱厚照也自知，这样基本上就改变了原本的文书流转体系了。
原本部院的题本，六科的抄发，九卿的议复，构成了一套庞大而精细的文书流转体系。每日里，公文书函在各衙门之间流转传递，浩如烟海，规如铁律。这套体系，本为沟通上下、处理政务而设，然其本身，却渐渐成了一堵无形的高墙，将许多真知灼见与急切下情，消磨于程序之中。
一件奏章，从地方递到通政使司，转送内阁，阁臣票拟，进呈御览，皇帝批红，再发回内阁抄写正式谕旨，由六科稽核发抄