隆庆皇帝继位后，立即着手整顿朝政，任命徐阶为内阁首辅，高拱为文渊阁大学士，张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，入阁参与机务。张居正终于实现了自己进入内阁的目标，成为了大明王朝的核心官员之一。
隆庆皇帝继位之初，颇有励精图治的决心。他采纳了徐阶、张居正等人的建议，平反了嘉靖时期的冤假错案，起用了被罢官的忠良之臣，减轻了百姓的赋役负担，停止了嘉靖时期的修道炼丹活动，节省了大量的财政开支。朝政为之一新，朝野上下一片振奋，人们都期待着隆庆皇帝能开创一个新的盛世。
作为内阁大学士，张居正积极协助徐阶和隆庆皇帝整顿朝政，提出了许多有益的建议。他深知，此时的明朝，虽经徐阶的初步整顿，却仍面临着诸多危机，土地兼并、吏治腐败、财政危机、边防废弛等问题，并未得到根本解决。要想让王朝重焕生机，必须进行全面、彻底的改革。
第三节 上《陈六事疏》，谋改革蓝图
隆庆二年（1568），张居正入阁已有一年多的时间。在这一年多里，他深入了解了朝廷的各项制度和权力运作，对当时的社会危机有了更为深刻的认识。他认为，要想实现王朝的中兴，必须进行全面的改革，而改革的核心，在于“省议论、振纪纲、重诏令、核名实、固邦本、饬武备” 。
于是，张居正向隆庆皇帝上了一道《陈六事疏》，这是他入阁以来的第一道重要奏疏，也是他系统地提出自己改革蓝图的重要文献。在奏疏中，张居正详细阐述了自己的六项改革主张：
1. 省议论：主张减少朝堂之上的空谈议论，提高行政效率，凡事“事无全利，亦无全害，人有所长，亦有所短”，应“择其善者而从之，其不善者而改之”，避免因空谈而贻误大事；
2. 振纪纲：主张整顿朝纲，严明法纪，加强中央集权，做到“赏罚分明，恩威并施”，对违法乱纪者，无论其身份高低，一律严惩不贷；
3. 重诏令：主张重视皇帝的诏令，确保政令畅通，做到“朝下而夕奉行”，对拖延、违抗诏令者，严加惩处；
4. 核名实：主张严格考核官员的政绩，做到“名实相符”，提拔重用有真才实学、勤政爱民的官员，罢黜庸官懒官、贪污腐败之徒；
5. 固邦本：主张重视农业生产，减轻百姓的赋役负担，整顿财政收支，充实国家府库，做到“藏富于民”，巩固王朝的统治根基；
6. 饬武备：主张加强边防建设，整顿军队，提拔重用有勇有谋的将领，做到“内修守备，外示羁縻”，抵御蒙古和倭寇的入侵。
《陈六事疏》是张居正改革思想的集中体现，涵盖了政治、经济、军事等各个方面，为日后的万历新政奠定了坚实的理论基础。然而，此时的隆庆皇帝，虽有励精图治的决心，却性格懦弱，缺乏主见，且沉迷于酒色，对朝政之事逐渐失去了兴趣。同时，内阁之中，徐阶、高拱等人之间的权力博弈也日益激烈，张居正的改革主张，未能得到有效的推行。
尽管如此，《陈六事疏》的提出，还是让张居正的政治才华得到了朝野上下的广泛认可，也让他成为了朝中改革派的核心人物。此后，他便以《陈六事疏》为蓝图，不断积累力量，等待着推行全面改革的机会。
第四节 阁臣博弈，徐高交恶
隆庆朝的内阁，始终处于激烈的权力博弈之中。内阁首辅徐阶，为人沉稳有谋略，却也有些优柔寡断；内阁大学士高拱，为人刚直，有经世之才，却性格急躁，恃才傲物。两人皆为朝中重臣，却因政治理念和权力之争，逐渐交恶，内阁的分裂也日益严重。
徐阶与高拱的矛盾，由来已久。高拱为裕王旧臣，深得隆庆皇帝的信任，性格刚直，希望能在朝堂之上大展拳脚，推行自己的政治主张。而徐阶作为内阁首辅，希望能独揽内阁大权，对高拱的势力扩张十分忌惮。两人在朝堂之上，经常因政见不同而发生争执，矛盾日益加深。
张居正作为徐阶的门生，又与高拱是志同道合的盟友，身处两人之间，十分为难。他深知，徐阶和高拱都是有经世之才的大臣，若两人能携手合作，必能整顿朝纲，实现王朝的中兴。因此，他始终试图调和两人的矛盾，希望能促成两人的合作。但徐阶和高拱的矛盾，已到了不可调和的地步，张居正的调和，最终未能取得任何效果。
隆庆元年（1567），高拱因与徐阶发生激烈冲突，被言官弹劾，被迫辞官归乡。高拱的罢官，让徐阶的势力得到了进一步的巩固，但也让内阁的权力失衡，朝堂之上的政治氛围更加紧张。张居正虽对高拱的罢官感到惋惜，却也无能为力，只能继续在徐阶的支持下，默默积累力量。
隆庆三年（1569），徐阶因年事已高，且厌倦了朝堂的权力博弈，主动上书请求辞官归乡，得到了隆庆皇帝的批准。徐阶罢官