班超违抗君命的消息传到洛阳后，汉章帝十分震惊。
但他也深知班超的忠诚和才能，又考虑到西域局势的复杂性，最终不仅没有降罪于班超，反而默认了他的决定。
不过，由于朝廷暂时无力派遣援军，班超只能依靠西域诸国的力量，独自应对匈奴和反叛诸国的威胁。
接下来的几年里，班超凭借着过人的智谋和外交手腕，在西域诸国之间纵横捭阖。
他联合于阗、疏勒等国，多次击败龟兹的进攻；同时，他还积极联络乌孙等大国，争取他们的支持。
乌孙是西域的强国，拥有十万骑兵，当年汉武帝曾将公主嫁给乌孙国王，双方有着深厚的渊源。
班超上书朝廷，建议遣使安抚乌孙，与乌孙联合对抗匈奴和龟兹。
汉章帝采纳了他的建议，派遣使者前往乌孙，成功与乌孙建立了同盟。
建初三年，班超率领疏勒、于阗、拘弥等国的军队一万人，攻打依附于龟兹的姑墨国，攻破了姑墨国的石城，斩杀七百余人。这场胜利，极大地鼓舞了西域诸国的士气，也让班超更加坚定了平定西域的信心。
他再次上书朝廷，请求派遣援军，准备一举平定龟兹，彻底稳定西域局势。
班超在奏疏中写道：“臣凭借大汉的威德，联合西域诸国，已经取得了一定的成效。如今西域诸国大多愿意归附汉朝，只有龟兹、焉耆等少数国家还在顽抗。若能派遣少量援军，臣便可借助诸国之力，消灭龟兹，平定西域。臣愿效仿谷吉效命绝域，张骞弃身旷野，为大汉开拓疆土，虽死无恨！”
汉章帝看到奏疏后，深受感动。
此时，平陵人徐干上书朝廷，愿意自告奋勇，率领军队前往西域辅佐班超。
汉章帝大喜，任命徐干为假司马，率领一千名弛刑徒和义从前往西域，支援班超。
援军的到来，让班超如虎添翼。
建初五年，徐干率领援军抵达疏勒，与班超会合。
此时，莎车国见汉朝援军到来，又背叛了龟兹，重新归附汉朝；而疏勒国的都尉番辰却趁机反叛。
班超与徐干联手，率领军队讨伐番辰，大破番辰的军队，斩杀一千余人，俘虏了大量人口和牲畜，再次稳定了疏勒的局势。
随后，班超制定了先破莎车、再攻龟兹的战略。
莎车国是南道的大国，地理位置重要，若能平定莎车，就能切断龟兹与南道诸国的联系。
元和三年，班超征调了于阗等国的军队二万五千人，攻打莎车。
龟兹国王得知后，派遣大将军发温宿、姑墨、尉头三国的军队五万人，前往救援莎车。
面对两倍于己的敌军，班超并没有惊慌。
他深知敌军人数众多，但诸国军队人心不齐，只要略施小计，就能瓦解敌军。
于是，班超故意放出消息，谎称汉军粮草不足，准备分兵撤退，一部分军队向东返回于阗，另一部分军队向西返回疏勒，并让士兵们装作收拾行装，准备连夜撤军。
龟兹国王果然中计，他认为班超已经黔驴技穷，决定趁机追击。
他派遣温宿王率领一万军队追击东撤的汉军，自己则率领主力部队追击西撤的汉军。
班超得知龟兹军队已经分兵，立刻下令集合军队，趁着夜色，突袭莎车的军营。
莎车军队毫无防备，被打得大败，四处逃窜。
班超率领军队乘胜追击，斩杀五千余人，缴获了大量的马匹、牲畜和财物。莎车国王走投无路，只能向班超投降。
龟兹军队得知莎车已破，军心大乱，只能无功而返。
经此一战，班超的威名传遍了整个西域，龟兹等国再也不敢轻易挑衅，西域的局势更加稳定。
章和二年，汉章帝去世，汉和帝即位。
此时的班超，已经在西域奋斗了二十余年。
经过多年的经营，汉朝在西域的影响力日益增强，除了焉耆、危须、尉犁三国，西域诸国都已归附汉朝。
这三个国家之所以顽固抵抗，是因为它们曾杀害过西域都护陈睦，担心汉朝报复，因此死心塌地地依附于匈奴。
永元二年，汉和帝派遣大将军窦宪率军北伐北匈奴，大破匈奴军队，北匈奴主力西迁，实力大损。
这为班超平定西域创造了绝佳的条件。
永元三年，班超上书朝廷，请求出兵讨伐焉耆、危须、尉犁三国，彻底平定西域。
汉和帝批准了班超的请求，任命班超为西域都护，徐干为长史，并派遣戊己校尉领兵前往西域，配合班超的行动。
永元六年，班超征调了龟兹、鄯善等八国的军队共七万人，以及汉朝吏士一千四百人，组成联军，讨伐焉耆三国。
班超深知焉耆国地势险要，城池坚固，又有黄河天险作为屏障，不宜强攻，只能智取。